Amministrata dalla Compagnie, e in seguito dalla Communauté des habitants (1645-1663), la nuova colonia francese si stabilì lungo il San Lorenzo e venne organizzata in signorie. Grandi feudi vennero concessi ai seigneurs, che promisero di spartire la terra tra gli affittuari. Nel 1666, gli immigrati di origine francese erano circa 2000, molti dei quali impegnati nel lucroso commercio delle pellicce, controllato a livello centrale. Ulteriori esplorazioni verso l'interno del territorio vennero compiute dai coureurs de bois, commercianti illegali di pellicce. Mentre ai protestanti venne impedito di stabilirsi nella nuova colonia, molti ordini religiosi, fra cui i gesuiti, vennero incaricati di diffondere nel paese il cattolicesimo, che divenne così molto influente nella vita coloniale. La sopravvivenza della Nouvelle-France divenne incerta a causa dei continui conflitti con gli irochesi, che devastarono il territorio degli huroni a nord del San Lorenzo nel 1648 e, nel 1649, si ribellarono al governo della colonia. La situazione venne ulteriormente compromessa dalla formazione, nel 1670, della Hudson's Bay Company, compagnia londinese di commercio di pellicce, che assicurò la continuità della presenza britannica in Canada per due secoli. Nel XVII e XVIII secolo, tra Francia e Inghilterra sorsero vari conflitti per il controllo territoriale e, nel 1763, il trattato di Parigi sancì il passaggio della Nouvelle-France sotto il dominio britannico.