La costruzione della chiesa e del convento di Santa Maria delle Grazie fu eseguita dal 1465 al 1482 su progetto di Guiniforte Solari. L'originario assetto architettonico della chiesa, che si conserva solo nel corpo delle navate, si presentava come tipico esempio dell'arte tardogotica lombarda di cui il Solari era un noto rappresentante. L'interno a tre navate con cappelle laterali riproduceva lo schema compositivo tradizionale anche se non mancavano elementi innovativi di chiaro gusto rinascimentale come le colonne in sostituzione dei pilastri e la decorazione pittorica della navata centrale.

Dal 1490 in poi, importanti trasformazioni architettoniche vennero realizzate per opera di Ludovico il Moro, che aveva deciso di fare della chiesa il mausoleo della sua famiglia. Il Duca concentra così le sue attenzioni su Santa Maria delle Grazie chiamando alla sua corte i migliori artisti: a Bramante affida l'incarico di costruire la nuova tribuna destinata a sostituire il presbiterio solariano, a Leonardo commissiona l'Ultima Cena mentre Cristoforo Solari deve scolpire il coperchio del sepolcro di Ludovico e della moglie Beatrice da collocare al centro del coro.

Il vasto programma del Moro, che prevedeva anche il rifacimento della facciata e della parte delle navate, non viene portato a termine; l'improvvisa morte di Beatrice nel 1497 e la caduta del governo del Moro nel 1499 fermano i lavori mentre risultano completate la tribuna, la sagrestia e l'Ultima Cena: opere importantissime che ancora oggi, nonostante le trasformazioni e i danni del bombardamento del 16 agosto 1943, che distrussero la biblioteca e il chiostro dei morti, costituiscono significativi esempi della Milano rinascimentale.

Il Cenacolo è comunemente identificato con l'ambiente dove Leonardo ha dipinto la celebre "Ultima Cena" : il Refettorio del convento domenicano di Santa Maria delle Grazie, eccezionale capolavoro artistico della Milano rinascimentale, realizzato nella seconda metà del Quattrocento.

                                                                                                                   
La grande aula rettangolare del Refettori o, chiusa da volte a lunette, è decorata con due grandi rappresentazioni pittoriche, scelte in base alla destinazione dell'ambiente e alla tradizione religiosa domenicana: oltre all'Ultima Cena si può ammirare la "Crocifissione" di Donato Montorfano, dipinte rispettivamente sulla parete settentrionale e su quella meridionale. Le due grandiose scene sono unite da un fregio pittorico, che in origine correva su entrambe le pareti laterali, con ghirlande vegetali che sostengono cartelli contenenti citazioni della Bibbia cui si ispira la vita monastica; al di sopra compaiono ritratti di monaci e di santi entro oculi in finta architettura: opere attribuite a Donato Montorfano, oggi purtroppo incomplete a causa dei danni del bombardamento del 1943 che distrusse completamente la volta e la parete orientale, mentre la salvezza della parete della Cena fu dovuta alla provvidenziale protezione ottenuta con sacchi di sabbia.

Originariamente e prima ancora dell'intervento di Leonardo questo ambiente si presentava diverso: aveva forma perfettamente simmetrica con sedici finestre, otto per parete, allineate nelle lunette, al di sopra della trabeazione e si suppone che sia stato lo stesso Leonardo ad imporre la diversa sistemazione delle finestre per realizzare la "Cena".

Fonti: www.cenacolovinciano.it