Il clima delle Galapagos è fortemente influenzato dalle tre correnti marine che passano per queste isole. Da Dicembre a Maggio la corrente di superficie NIÑO, proveniente da Panama, centro America, porta acqua pulita e più calda. Da Giugno a Novembre spinge la corrente di HUMBOLDT, sempre di superficie, arrivata dal sud del Pacifico, quindi è una corrente fredda che porta molto nutrimento. Altro contributo al sistema arriva dalla corrente sottomarina di CROMWELL, proveniente dal Pacifico ovest tutto il periodo dell’anno. E’ una corrente fredda, come quella di Humboldt, porta molto nutrimento, come il plankton, soprattutto nell’area ovest dell’isola di Isabela.

Nelle Galapagos si ha per questi motivi una stagione calda con piogge, da dicembre a giugno, che rende le isole più verdi. Le giornate sono soleggiate e con sporadici acquazzoni; mentre negli altri mesi vi è una stagione secca con un'aria più fresca e ventosa spesso accompagnata da una nebbiolina (qui chiamata "garua" ) proveniente dalle colline. La temperatura media durante tutto l'anno è di 24°C. Le isole si trovano sopra la linea equatoriale ed hanno quindi un clima tropicale.