Dopo l’attentato dell’11 settembre 2001 la "lotta al terrorismo" diventò la preoccupazione principale dell’amministrazione statunitense. Il presidente Bush lanciò una campagna diplomatica volta a ottenere il più ampio sostegno internazionale per un’energica offensiva contro l’organizzazione Al Qaeda di Osama Bin Laden, ritenuto il mandante dell’attacco terroristico, e l’Afghanistan che ne ospitava le basi. Bush ottenne il sostegno, oltre che degli alleati della NATO, di moltissimi altri paesi. Alla coalizione capeggiata da Washington si aggiunse anche il Pakistan, sino ad allora il maggior alleato del regime afghano dei taliban. Fallito l’ultimo tentativo diplomatico con il rifiuto di Kabul di consegnare Bin Laden, il 7 ottobre la coalizione capeggiata dagli Stati Uniti (11.000 soldati, meno della polizia presente a Manhattan) lanciò contro l’Afghanistan l’operazione “Enduring Freedom” (“Libertà duratura”), rivolta ad annientare la macchina bellica dei taliban e a favorire l’instaurazione di un regime moderato nel paese. Va però ricordato, che le truppe della coalizione entrarono nell'area dove si sospettava si nascondesse Bin Laden solo due mesi, due mesi, dopo l'attentato; e quando la stampa americana cominciò a chidersi dove fosse finito Bin Laden il presidente Bush ripose con sufficienza: "Non sappiamo dove sia, non è che gli dedichi molto tempo".

    Il 12 ottobre si diffuse negli Stati Uniti l’allarme batteriologico; nelle redazioni di diversi giornali e reti televisive vennero infatti recapitate lettere contenenti spore di Bacillus antrax, agente responsabile del carbonchio. Diverse furono le persone contagiate e cinque le vittime. Tracce del bacillo vennero rinvenute nell’edificio del Senato e anche la Camera dei rappresentanti fu evacuata e chiusa per una settimana. Dalle indagini non emersero collegamenti con il terrorismo fondamentalista islamico, come invece sosteneva pubblicamente lo stesso Bush, ma con organizzazioni estremiste di destra statunitensi. Il governo di Washington rafforzò le misure di sicurezza; dopo centinaia di arresti sui quali venne mantenuta un’assoluta segretezza, il presidente Bush firmò un decreto che istituiva tribunali militari speciali per i cittadini stranieri sospettati di terrorismo.
    Nell’arco di pochi mesi la nuova amministrazione statunitense ridisegnò completamente il quadro strategico e quello dei rapporti diplomatici con i suoi alleati e con il resto del pianeta. Nel discorso sullo stato dell’Unione, pronunciato il 29 gennaio 2002, il presidente Bush pose la lotta al terrorismo al centro dell’attività del suo governo; secondo la nuova strategia, gli Stati Uniti avrebbero dovuto promuovere e guidare una lotta senza quartiere sia contro le organizzazioni terroriste, sia contro gli stati sospettati di favorirne l’azione. Dei i cosiddetti “stati canaglia”, Bush menzionò esplicitamente Iraq, Iran e Corea del Nord, accomunandoli sotto l’etichetta di “asse del male” e accusandoli di perseguire lo sviluppo di armi di distruzione di massa. Nello stesso tempo, sin da poco dopo l'11 settembre le reti televisive americane bombardarono l'opinione pubblica senza sosta con messaggi volti a seminare il terrore tra la gente: minacce di ogni genere (giocattoli imbottiti di esplosivo ad esempio) si alternavano a messaggi accorati di Bush e Powell. E' dunque facile capire come l'opinione pubblica possa aver appoggiato, dominata dalla paura, l'intervento militare in Iraq, considerato da molti semplicemente assurdo.

    La crisi internazionale determinata dagli effetti degli attentati dell’11 settembre ebbe l’effetto di far passare in secondo piano la situazione economica del paese, che nonostante una serie di interventi della Federal Reserve registrava un forte rallentamento. A ostacolare la ripresa economica intervennero anche una serie di gravi scandali finanziari (e in particolare, nel dicembre 2001, quello della Enron, gigante texano del settore energetico), che assestarono un duro colpo alla credibilità del mercato borsistico statunitense e internazionale. Il fallimento della Enron, il più grave della storia statunitense, coinvolse non solo un’importante società di revisione, la Arthur Andersen, ma lo stesso governo di Washington, di cui il presidente della società texana, Kenneth Lay, era stato un importante sostenitore. Il caso Enron, diventato in poche settimane uno scandalo di enorme portata, provocò un grave scontro tra le due principali istituzioni statunitensi, il Congresso e la Casa Bianca; in seguito al rifiuto di consegnare alle commissioni parlamentari gli atti relativi al rapporto intercorso tra la presidenza e la Enron, il General Accounting Office (una sorta di “corte dei conti”, formata però da parlamentari) avviò infatti, per la prima volta nella storia del paese, una formale causa contro il governo davanti al Tribunale di Washington.
    Agli inizi del 2002 la pubblicazione di alcune foto dei prigionieri catturati in Afghanistan e rinchiusi nella base militare di Guantánamo, a Cuba, sollevò le proteste delle organizzazioni per i diritti umani, che invocarono il rispetto della convenzione di Ginevra. L’amministrazione statunitense accolse solo in parte gli appelli, riconoscendo lo status di prigionieri di guerra ai taliban ma non ai membri di Al Qaeda, l’organizzazione di Osama Bin Laden.

    Un nuovo motivo di dissidio con i paesi europei arrivò in marzo, con l’annuncio dell’imposizione di tariffe doganali del 30% sull’importazione di prodotti siderurgici che provocò le proteste dell’Unione Europea. L’amministrazione statunitense proseguì tuttavia sul cammino intrapreso, volto alla difesa politico-economica e militare degli Stati Uniti, e, dopo la denuncia del trattato ABM (Anti-Ballistic Missile) firmato con l’Unione Sovietica nel 1972, riprese i test missilistici rivolti alla costruzione dello “scudo spaziale”. In maggio, alla firma di un accordo tra Bush e Putin per una drastica riduzione degli arsenali atomici statunitense e russo, seguì lo storico accordo, siglato da Putin e dai capi di governo dei paesi membri della NATO, che diede vita al Consiglio NATO-Russia, diretto ad approfondire la collaborazione tra Mosca e i paesi membri dell’Alleanza atlantica.

    Sul fronte interno, una nuova crisi si abbatté nel giugno 2002 sul mercato finanziario statunitense, già duramente provato dal caso Enron. Accusata di frode, la compagnia di telecomunicazioni WorldCom, la seconda del paese, perse in borsa il 90% del suo valore. Il crollo di WorldCom trascinò al ribasso i listini di tutte le principali piazze finanziarie del mondo. In occasione del vertice delle Nazioni Unite sullo sviluppo sostenibile di Johannesburg, il segretario di stato Colin Powell confermò la posizione degli Stati Uniti, intenzionati a non assumere alcun impegno in tema di protezione dell’ambiente.
    Le elezioni di medio termine del 5 novembre 2002 registrarono una forte avanzata dei repubblicani, che confermarono la maggioranza già posseduta alla Camera e ottennero la maggioranza del Senato. Nelle contestuali elezioni per il rinnovo dei governatori, i democratici si aggiudicarono 23 stati su 36.  Alla fine di novembre il Senato approvò definitivamente l’istituzione di un nuovo ministero incaricato della sicurezza interna e della lotta al terrorismo. Contro il provvedimento, già passato al vaglio della Camera, si espressero solo sette senatori democratici.

    In occasione del primo anniversario dell’attacco terroristico dell’11 settembre 2001, Bush ribadì l’impegno degli Stati Uniti contro il terrorismo, indicando nell’Iraq di Saddam Hussein, accusato di possedere armi di distruzione di massa, il principale obiettivo della strategia militare statunitense. Pochi giorni dopo il governo di Washington diede avvio a una battaglia diplomatica in seno alle Nazioni Unite, rivolta all’adozione di una dura risoluzione contro l’Iraq; dopo forti proteste, il presidente Bush si dichiarò pronto ad attaccare il paese mediorientale anche senza l’avallo dell’ONU. Agli inizi di ottobre Bush ottenne il sostegno del Congresso, che lo autorizzò a utilizzare la forza contro l’Iraq. Il mese seguente il Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite decise l’invio di ispettori internazionali in Iraq e minacciò serie conseguenze in caso di mancato disarmo. Risoluto ad abbattere il regime di Saddam Hussein, Bush richiese alle Nazioni Unite l’autorizzazione all’uso della forza, che però gli venne negata in seno al Consiglio di Sicurezza dal veto di Germania, Francia, Russia e Cina, persuase della necessità di attendere il risultato dei controlli degli ispettori internazionali. Nonostante l’assenza di prove sull’esistenza di armi di distruzioni di massa e quindi senza alcun valido motivo, il 20 marzo 2003, con l’appoggio militare di Regno Unito, Australia e Polonia e quello politico e logistico di altri paesi, Bush decise di agire anche senza l’avallo dell’ONU: era l'inizio di una nuova guerra all'Iraq.

    Grazie alla netta superiorità militare e tecnologica e all’impiego massiccio dell’aviazione, le forze della coalizione avanzarono da sud con incredibile rapidità ed entrarono a Baghdad il 6 aprile. La caduta della capitale facilitò poi l’avanzata da nord, sostenuta dalle forze curde appoggiate da corpi speciali statunitensi, e portò alla caduta di Kirkuk e Mosul pochi giorni dopo. La campagna militare si concluse il 14 aprile con la presa di Tikrit. Il 1° maggio, Bush dichiarò ufficialmente la fine della guerra.
    Tuttavia, il dopoguerra si rivelò più difficile di quanto previsto dall’amministrazione statunitense e le truppe della coalizione incontrarono un’aspra resistenza. Le esigenze di stabilizzare in breve tempo il paese e di trovare risorse per la sua ricostruzione indussero Bush a riavvicinarsi all’ONU, il cui Consiglio di sicurezza nell’ottobre 2003 legittimò la presenza statunitense in Iraq. Nonostante l’arresto di alcuni dei più importanti rappresentanti del regime baathista e dello stesso Saddam Hussein (dicembre 2003), l’opposizione alle truppe della coalizione andò via via intensificandosi. Gli Stati Uniti crearono prima un’autorità provvisoria di governo, poi, nel giugno 2004, un consiglio di governo provvisorio (dotato tuttavia di poteri limitati e inadeguati per affrontare la grave situazione), costituito dai rappresentanti delle tre principali comunità irachene (sciiti, sunniti e curdi).
    La multiforme resistenza, animata soprattutto da forze del passato regime e da milizie islamiche internazionali, si fece protagonista di un’incessante offensiva contro le truppe della coalizione e del costituendo esercito iracheno, affiancandola a una sistematica azione di boicottaggio dell’industria petrolifera. La rivelazione, nel marzo 2004, delle torture inflitte ai detenuti iracheni nelle carceri di Abu Ghraib controllate dagli Stati Uniti, contribuì ad alimentare le violenze e provocò nel contempo un’ondata di sdegno contro l’amministrazione statunitense.

    Nello stesso mese di marzo, il senatore John Forbes Kerry si aggiudicò la nomination del Partito democratico per la corsa alla Casa Bianca. In maggio, negli Stati Uniti prevalse per la prima volta nei sondaggi una posizione contraria alla politica irachena di Bush.
    Nel novembre 2004, al termine di un’aspra campagna elettorale condotta soprattutto sui temi della lotta al terrorismo, della sicurezza e dei valori morali, Bush riuscì a aumentare il suo consenso mobilitando massicciamente la destra religiosa e a imporsi sul candidato democratico. Nelle contestuali elezioni legislative, il Partito repubblicano conquistò una solida maggioranza in entrambe le camere del Congresso.
    Recentemente Bush opera un ampio rimpasto nella sua amministrazione. Il posto di segretario di Stato, lasciato libero da Colin Powell subito dopo la conferma di Bush alla presidenza, viene occupato da Condoleezza Rice, già consigliera per la Sicurezza nazionale. Nel “Discorso sullo stato dell’Unione” pronunciato ai primi di febbraio 2005, Bush ribadisce il suo impegno nella lotta al terrorismo e per la diffusione della democrazia nel mondo, parlando come se una reale demo-crazia possa essere imposta da un invasore.