I maggiori corsi d'acqua dell'America Centrale sfociano nel mar dei Caraibi, mentre il Pacifico riceve le acque di fiumi brevi e a regime torrentizio. Un fiume importante è, nel Nicaragua, il Rio Grande, emissario del lago di Nicaragua che scorre in una depressione che, come un corridoio, collega la costa del Pacifico con quella caraibica. Altro importante lago nel Nicaragua è il Managua. Sulla dorsale di Panamá, il lago Gatún è stato utilizzato come importante serbatoio per il funzionamento del sistema di chiuse del canale di Panamá, che collega il mar dei Caraibi all'oceano Pacifico.