La Pinacoteca diventa indipendente
Nel 1882 la Pinacoteca si separa dall'Accademia e la direzione viene affidata a Giuseppe Bertini, l'autore delle vetrate della facciata del Duomo e figlio di Gian Battista, autore dei grandi finestroni absidali. E' previsto il pagamento di un biglietto d'ingresso. Nasce il primo catalogo del Carotti (1893-95) al quale seguiranno quelli di Corrado Ricci (1901, 1907) e di Malaguzzi Valeri (1908).
La divisione delle due istituzioni ebbe effetti disastrosi per le raccolte, che andarono parzialmente disperse in altri musei od in edifici pubblici; andarono persi i ritratti della Galleria del Bossi ed i dipinti neoclassici dell'800.
Nel 1926 venne creata l'Associazione degli Amici di Brera e grazie a questa associazione vennero acquistati svariati capolavori tra cui la "Cena in Emmaus".
Nel 1898 diventa direttore Corrado Ricci e Brera viene rivoluzionata.
Il Ricci modifica completamente tutto l'assetto del museo, suddividendo le opere per scuole regionali. Attraverso un gioco di scambi con la Biblioteca e l'Accademia, Corrado Ricci riesce finalmente a ottenere tutto il giro dei locali del primo piano del cortile d'onore. La nuova sistemazione elegante e prestigiosa curata dal Ricci rende finalmente la Pinacoteca di Brera una dei maggiori musei italiani.
Il sopraggiungere della guerra del 1914-1918 costrinse a far emigrare per ragioni di prudenza la collezione a Roma e al loro rientro, la Pinacoteca fu abbellita e ampliata, sotto la Direzione di Ettore Modigliani.
I bombardamenti del 1942, e soprattutto quelli dell'agosto 1943, colpiscono in pieno Brera. Brucia il soffitto dei saloni napoleonici e viene danneggiata molto gravemente l'ala del palazzo verso la piazzetta di Brera. La parte inferiore della chiesa si salva grazie alla tenuta dei soffitti dei saloni. Nel dopoguerra, dopo un breve periodo di Modigliani, tocca a Fernanda Wittgens occuparsi dei lavori di restauro e del nuovo allestimento, curato ancora una volta dal Portaluppi. Nel giugno 1950 il museo riapre rinnovato. Oltre alla nuova saletta di Raffaello, il Portaluppi ha realizzato un ambiente apposito (tuttora esistente) per il Settecento con archi e colonnine.
Nel frattempo il gusto è
cambiato. Negli anni '50 e '60 il grande pubblico scopre i pittori giotteschi e
tardogotici. A Brera viene costruito un ambiente apposito per
ospitare gli affreschi trecenteschi di Mocchirolo
Gli anni '70 ed
'80 furono caratterizzati dalla carenza di spazio, scarsa agibilità delle sale,
problemi di sicurezza e furti.
Oggi Brera offre una visione completa della storia pittorica della Lombardia, nuovamente riorganizzata in un nuovo percorso e riallestimento, che è possibile visitare.