Si sono fatte alcune ipotesi sull'immenso genocidio ittico legato alla marea nera. La prima ipotesi afferma che la morte dei pesci sia legata ai disperdienti tossici usati per frammentare e rendere meno visibile il petrolio, un'altra dice che sia avvenuta un'epidemia, infine ce n'è un'ultima che ipotizza che questo genocidio sia avvenuto per ipossia ovvero la mancanza di ossigeno, che sembra un ottima spiegazione per l'ecatombe ittica accaduta. Molti critici affermano che l'ipossia sia dovuta allo sversamento di petrolio.
Prima di essere arginata la marea nera rischiava di causare cambiamenti drammatici di ecosistema in tutto il Golfo del Messico. Per fortuna è stata arginata per salvare almeno in parte l'ecosistema.

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Uccello ucciso dal petrolio

Le conseguenze riguardano 8.300 specie di esseri viventi. Si dice che siano oltre 5.000 delfini in pericolo a causa della macchia petrolifera che, in poco tempo,  ha raggiunto più di 130 miglia ( 210 km. ) raggiungendo, dalle coste della Louisiana il delta del Mississippi. Il disastro in Louisiana non ha causato solo effetti immediati sull'acqua ma ha anche costituito una seria minaccia per la catena alimentare che coinvolge gli animali e i pesci del luogo. Come i pesci anche gli uccelli sono assai colpiti da questo evento, il petrolio infatti penetra nel piumaggio degli uccelli impedendo loro di nuotare e volare, per cui perdono la capacità di procacciarsi il cibo e di fuggire dai predatori. Il loro istinto li porta a pulirsi il piumaggio con il becco, ma cosi facendo, ingeriscono il petrolio che ha effetti nocivi sui reni, il fegato e l'apparto digerente; il tutto porta poi alla disidratazione e a sqilibri nel metabolismo. Cosi molti uccelli muoiono prima dell'arrivo dei soccorsi umani. Anche per i mammiferi marini i sintomi sono gli stessi, in particolare la pelliccia delle lontre di mare e delle foche perde il suo potere di isolante termico, causando l'ipotermia. Per ora si ritiene che ci vorrà almeno mezzo secolo per far tornare l'ecosistema marino a uno stato sufficiente per lo sviluppo e la continuazione della vita.
Le specie più danneggiate sono di sicuro la fauna ittica locale, sino ai pellicani e altri uccelli.
Si è riscontrato un cambiamento nel DNA di molti microrganismi marini, che sono i primi a risentire sul serio del cambiamento dell'ecosistema; ciò potrebbe causare una catastrofe genetica dato che molti pesci si nutrono di questi microrganismi e quindi anche gli uccelli che si nutrono di questi pesci.
Altra grave conseguenza della Marea Nera è la sterilità dei nuovi nati; infatti gli idrocarburi sono altamente cancerogeni e sterilizzanti e già secondo alcuni recenti test su 1000 uova di vari pesci 384 sono risultate sterili e questo abbasserà ulteriormente la già abbattuta popolazione marina.
Il petrolio inoltre riduce la quantità di luce che attraversa l'acqua, generando comportamenti anomali tra molti pesci e dimezzando la importantissima flora marina che è fonte di nutrimento per numerosi pesci e molluschi.


Uccello ucciso dal petrolio

Tuttavia si intravede uno spiraglio di speranza, infatti se le operazioni di contenimento attuate risulteranno tempestive e utili, ogni organismo vivente potrebbe riadattarsi alla vita nel giro di 2-3 generazioni. Secondo gli scienziati le spiagge e le paludi costiere colpite per centinaia di km. dalla marea nera sono ancora il minore dei problemi. Il vero problema è che il Golfo del Messico è contaminato sott'acqua molto più che in superficie. Fra non molto si vedranno i cadaveri di squali, delfini e tartarughe. Il petrolio continua a sgorgare e i diperdienti tossici usati per mascherarne l'impatto sembra che abbiano soltanto peggiorato la situazione: l'intera catena alimentare risulta avvelenata e smantellata pezzo per pezzo.


Tartaruga uccisa dal petrolio