Il clima di isolamento favorì nel paese un forte sentimento indipendentista che, dopo numerose tensioni, sfociò il 18 settembre del 1810 nella deposizione del governatore coloniale per opera del consiglio cittadino di Santiago. L'esercito lealista venne duramente sconfitto a Chacabuco, nel 1817, ponendo così definitivamente termine al controllo spagnolo nel Cile del nord. L'anno seguente Bernardo O'Higgins proclamò l'indipendenza del paese, ma le forze lealiste mantennero il controllo di gran parte del Cile meridionale sino al 1818 e furono espulse definitivamente dal paese solo nel 1826.
O'Higgins governò il paese con metodi dittatoriali sino a quando, nel 1823, l'ostilità popolare nei confronti del suo regime lo costrinse alle dimissioni. Nonostante la promulgazione di una Costituzione repubblicana, adottata nel 1833, il paese visse aspre tensioni politiche che opposero il governo dei conservatori, guidati dal generale Joaquín Prieto, ai liberali, i quali animarono diversi tentativi insurrezionali (nel 1835, 1851 e 1859) che vennero soffocati dall'esercito. Personaggio centrale dell'epoca di Prieto fu Diego Portales, potente ministro della Guerra e poi governatore di Valparaíso.
Nonostante il carattere autoritario, la politica attuata dai conservatori stimolò la ripresa interna e contribuì notevolmente allo sviluppo commerciale, agricolo e culturale del paese favorito dallo sfruttamento sistematico delle risorse minerarie e dell'immigrazione. In politica estera i conservatori diedero inizio a una serie di guerre di confine con la Bolivia e il Perù nel 1836, con l'Argentina nel 1843 per il controllo della Terra del Fuoco e combatterono a fianco del Perù contro la Spagna che aveva occupato alcune isole peruviane (1865-1871).
Negli anni Sessanta del XIX secolo si aprì una fase politica nuova con governi a direzione liberale. In questo periodo lo sfruttamento dei giacimenti di nitrato presenti nel deserto di Atacama provocò le reazioni della Bolivia e del Perù che sfociarono nella cosiddetta guerra del Pacifico. Gli esiti favorevoli al Cile (1883) determinarono un notevole ampliamento territoriale: la Bolivia perse infatti la regione di Antofagasta e il Perù fu costretto a cedere Tarapacà, Tacna e Arica.