Le isole Galapagos si sono formate interamente in seguito ad eruzioni vulcaniche.

Nelle Galapagos ci sono due diversi tipi di vulcani. Ad ovest, nelle isole di Isabela e Fernandina, si trovano vulcani larghi con una morfologia “a ciotola rovesciata” e profondi crateri. Ad est, si trovano invece vulcani più piccoli con pendii più lievi. Sembra che la diversità fra queste due morfologie vulcaniche sia dovuta alla differenza della densità litosferica. La zona di frattura al 91° W  separa la crosta oceanica e la litosfera da una differente età. Ad ovest di questa  zona di frattura la litosfera è più antica e solida, dunque è capace di sopportare il carico imposto su di essa da un grande vulcano. Ad est di questa zona, la litosfera è troppo giovane e debole per sopportare il peso di grandi vulcani. La morfologia a “ciotola rovesciata” dei grandi vulcani dell’ovest è abbastanza inusuale (sebbene non sia unica) e le sue origini non sono totalmente certe.                                          

I vulcani hawaiani, che sono i più grandi sulla terra e molto più grandi del più importante vulcano delle Galapagos, sono più simili ai vulcani dell’est delle isole. In accordo con una teoria, questa morfologia è dovuta ai modi in cui le bocche eruttive sono distribuite sui vulcani. La maggior parte di queste bocche si trova sulle fessure della circonferenza vicino alle cime piane, o sulle fessure radiali nei fianchi più bassi. Relativamente poche sono le bocche che si trovano sui fianchi più alti e ripidi dei vulcani. Di conseguenza i vulcani si sviluppano verso l’esterno in fondo e all’insù nella sommità, come risulta in questa caratteristica morfologia. La locazione delle bocche e delle fessure riflette principalmente la pressione all’interno del vulcano. Perché le pressioni nei vulcani delle Galapagos differiscano da quelle degli altri vulcani e conducano a questa distribuzione delle bocche ci rimane oscuro. Un’ipotesi alternativa per la morfologia dei vulcani delle Galapagos è che questa rifletta il modello della frammentazione del magma all’interno del vulcano. In sostanza il magma frammentato all’interno del vulcano si gonfia nella parte centrale, spingendone la sommità verso l’alto e immergendo i pendii sui fianchi più alti.

Un’altra caratteristica insolita dei vulcani dell’ovest delle Galapagos è la larga misura dei loro crateri, in particolare comparandoli con le dimensioni del vulcani. La presenza di un cratere è responsabile della cima piatta del vulcano; questa sommità piana è ben evidente nel vulcano Alcedo. I crateri sono il risultato del crollo di una cavità magmatica sottostante. Il magma all’interno della cavità contribuisce al supporto della roccia sovrastante; quando il magma si ritira, la roccia circostante potrebbe non essere in grado di sopportare il peso e in seguito crollare. Quasi sicuramente nessuno dei crateri si formò in un solo momento, ma fu il risultato di numerosi episodi di crollo, come è evidenziato dalle superfici irregolari di alcuni banchi e pareti. Un parziale crollo del cratere di Fernandina ebbe luogo nel 1968, quando la parte nord del suolo del cratere sprofondò di 200 metri. Crollo che avvenne parecchie settimane dopo una breve eruzione. Poco dopo l’evento arrivarono molti scienziati per osservarlo a distanza, così questo è uno dei migliori esempi documentati del crollo di un cratere.

Una volta formato, un cratere si può riempire con parti di muro di cratere franato. Ciò accadde nel vulcano Fernandina nel 1988. Occasionalmente i crateri si possono riempire completamente di lava, quindi riformare. Il Marchena, a nord-est, ha un cratere che è stato molto vicino ad essere riempito di lava. Il suolo del cratere del Genovesa è sotto il livello del mare ed emerge nella parte sud, formando la Darwin Bay.

Ci sono state antiche eruzioni in molti vulcani delle Galapagos, inclusi il Fernandina, il Wolf; l'alcedo, il Sierra negra, il Cerro Azul, il Santiago,il Pinta, il Floreana e il Marchena. Nei recenti trascorsi geologici (gli ultimi 10.000 anni) si sono verificate eruzioni anche sul vulcano Darwin, Equador, Genovesa, San Cristobal e Santa Cruz. I vulcani sottomarini sono stati maggiormente attivi in questo periodo. E' abbastanza inusuale che un mantello terrestre  produca simultaneamente così tanti vulcani attivi. Le isole Espanola e Santa Fe sono resti di vulcani estinti. In entrambi i casi, solo una parte della struttura del vulcano si è conservata, le altre parti sono andate distrutte. Essi non sono attivi da parecchi milioni di anni. Pizon e Rabida sono anche essi piccoli vulcani che sono spenti da circa un milione di anni. Anche se Santa Cruz e San Cristobal rimangono vulcani attivi parti delle loro strutture sono molto più vecchie, Più di un milione di anni nel caso di Santa Cruz (includendo i piccoli vulcani confinanti di Baltra, Seymour e Las Plazas), e quasi 2 milioni e mezzo di anni nel caso di San Cristobal.