Le Galápagos sono state scoperte casualmente il 10 marzo 1535, quando Fra Tomás de Berlanga, vescovo di Panama, si mise in mare verso il Perù per dirimere una disputa tra Francisco Pizarro ed i suoi luogotenenti dopo la conquista dei territori degli Incas. La nave si trovò in una zona di bonaccia e le correnti la portarono alla deriva fino alle isole. Nel rapporto che fece successivamente all'imperatore Carlo V, Berlanga descrisse l'aspetto arido e desertico delle isole e le loro tartarughe giganti. Scrisse inoltre delle iguane marine, dei leoni marini e di numerose specie di uccelli. Notò anche l'insolita mitezza degli animali, che continua a stupire i visitatori dell'arcipelago ancora oggi.

All'epoca dell'avvistamento le isole erano disabitate. Thor Heyerdahl nel 1963 raccontò di avervi trovato frammenti di vasellame di origine sudamericana che facevano pensare ad un precedente contatto umano; un'ipotesi che tuttavia appare ancora controversa. L'arcipelago divenne poi nascondiglio dei pirati inglesi che intercettavano i galeoni spagnoli diretti verso la madrepatria carichi dell'oro e dell'argento sudamericani.

Le isole Galápagos compaiono per la prima volta in mappe nel 1570, nelle carte disegnate da Ortelius e da Mercatore, con il nome di insulæ de los Galopegos, ossia "isole delle tartarughe".

Il primo inglese che visitò le isole fu Richard Hawkins, nel 1593. Molti famosi pirati da allora vi transitarono.


La prima missione scientifica alle Galápagos giunse nel 1790 al seguito di Alessandro Malaspina, un capitano siciliano la cui missione era finanziata dal re di Spagna. I rapporti della sua missione sono però andati perduti.

Nel 1793 James Collnet fece una descrizione della flora e della fauna delle Galápagos e suggerì che le isole potevano essere usate come base d'appoggio per i balenieri dell'Oceano Pacifico. Disegnò anche le prime accurate carte nautiche delle isole. I balenieri catturarono ed uccisero migliaia di tartarughe per estrarne il grasso, inoltre venivano portate anche sulle navi come riserva di carne, dal momento che potevano sopravvivere per mesi senza cibo né acqua. La caccia alle tartarughe ne ridusse notevolmente la popolazione e fece estinguere alcune specie. Ai balenieri si aggiunsero poi anche i cacciatori di foche, che portarono anche questo animale sull'orlo dell'estinzione.

L'Ecuador annetté le isole Galápagos il 12 febbraio 1832 nominando l'arcipelago Arcipelago del Ecudaor. Il primo governatore delle isole, il generale José de Villamil, mandò un gruppo di detenuti a popolare l'isola di Floreana e nell'ottobre del 1832 a loro si aggiunsero alcuni artigiani ed agricoltori.

Charles Darwin fu il primo ad eseguire uno studio scientifico delle isole. Fresco di laurea, era un naturalista in giro per il mondo con la spedizione geografica e scientifica a bordo della Beagle, che durò dal 1831 al 1836. Darwin raggiunse le Galápagos il 15 settembre 1835 e vi passò circa cinque settimane, fino al 20 ottobre, studiando la geologia e la biologia di quattro delle isole. Qui iniziò a lavorare alla teoria dell'evoluzione delle specie.

A partire dal settembre 1904 una spedizione dell'Accademia delle Scienze della California guidata da Rollo Beck rimase sulle isole per un intero anno raccogliendo materiale scientifico riguardante la geologia, l'entomologia, l'ornitologia, la botanica, la zoologia e l'erpetologia. Un'altra spedizione della stessa accademia fu compiuta nel 1932 (la spedizione di Templeton Crocker) per raccogliere insetti, pesci, conchiglie, fossili, uccelli e piante.

Durante la seconda guerra mondiale l'Ecuador autorizzò gli Stati Uniti ad impiantare una base navale sull'isola di Baltra ed alcune stazioni radar in altre locazioni.

Un carcere è stato realizzato su Isabela nel 1946, ma è stato poi chiuso nel 1959.