I primi abitanti conosciuti di Panama
furono i rappresentanti delle culture cueva e coclé, che vennero però decimati
dalle malattie e dagli attacchi degli spagnoli, quando questi ultimi arrivarono
come conquistatori nel XVI secolo. Dopo i primi avvistamenti alla fine del
'500le coste dell' istmo di Panama furono esplorate da Colombo nel 1502. Il
litorale affacciato sul Pacifico divenne più tardi la base di partenza per le
invasioni del Perù, e le ricchezze derivanti da queste incursioni cominciarono
ad attirare sul territorio le scorrerie di pirati e filibustieri, tanto che nel XVIII secolo il
versante caraibico divenne così pericoloso da indurre gli Spagnoli a evitare
completamente Panama e a preferire la circumnavigazione di Capo Horn per
raggiungere direttamente l'Europa dal Perù. 
Iniziò così il declino di Panama, che divenne una provincia della Colombia quando questa nazione sudamericana ottenne l'indipendenza nel 1821. Nel 1846 la Colombia firmò un trattato che concedeva agli USA il diritto di costruire un tratto di ferrovia sull'istmo e di difenderlo con forze militari. Il Panama attraversò nel corso dell' '800 agitate vicende interne,durante le quali gli interessi economici e strategici degli Stati Uniti coincisero momentaneamente con i sentimenti dei rivoluzionari, e una giunta provvisoria arrivò a dichiarare l'indipendenza di Panama il 3 novembre 1903, con l'aperto sostegno degli USA.
Il trattato sul canale del 1904 garantiva agli USA diritti perpetui sul territorio, e un'ampia facoltà di intervento negli affari interni del paese. Per decenni, questo alimentò un costante attrito tra i due paesi, in parte perché la Colombia rifiutò di riconoscere l'indipendenza di Panama fino al 1921, quando gli Stati Uniti decisero di regolare la questione con un indennizzo di 25 milioni di dollari al governo colombiano. La costruzione del canale fu intrapresa nel 1904, e dieci anni più tardi la prima nave lo attraversava. Gli interventi degli Stati Uniti negli affari interni panamensi si susseguirono fino al 1936, quando gli USA rinunciarono al diritto di stanziare truppe militari al di fuori della Zona del Canale.
Alla fine deg
li anni 30 il presidente Arias tentò un
alleanza con l'asse e l'instaurazione di un regime dittatoriale, in seguito ai
quali fu deposto. Nel
1946 fu approvata una nuova costituzione, che però non stabilizzò la situazione
politica del paese. Dopo la seconda destituzione di Arias
nel 1951 il Panama rinnovò gli accordi con gli USA
per il canale, ottenendo un aumento del compenso annuo nel 1955. Tuttavia i dissidi tra i due
paesi per la gestione del canale proseguirono, e nel 1968 fu eletto presidente
per la terza volta Arias, e destituito lo stesso anno; sostituito dal gegerale
Torrijos che si dedicò allo sviluppo del paese. La questione del dominio sul
canale di Panama fu riaperta nel 1973 nel consiglio di sicurezza dell' ONU, e si
concluse nel 1977 con un trattato che avrebbe restituito la sovranità del canale
ai Panamensi entro il 1999 e il pagamento da parte degli USA di un forte
indennizzo.
Torrijos cedette la carica presidenziale al ministro Royo nel 1984,
il quale però non riuscì a contrastare la nascita di nuove faide e l'affermarsi
del generale Manuel Noriega che assunse il controllo dello stato. In seguito
alle misure austere varate dal nuovo presidente il Panama si vide disertare dal
capitale straniero, e il governo divenne un regime personale e al
boicottaggio economico degli U.S.A. si unirono le accuse a Noriega di traffico
di droga. Il vincitore legittimo
delle elezioni presidenziali del 1989, Guillermo Endara, venne dichiarato
presidente, ma si rivelò presto un politico di scarso rilievo; nel 1994, quando
venne sollevato dall'incarico, le sue quotazioni avevano raggiunto il minimo
storico. Nelle elezioni del 1994 risultò vincitore Ernesto Pérez Balladares.
Sotto la sua guida, il governo panamense ha dato il via a un programma di
privatizzazioni e di miglioramenti nelle infrastrutture, nell'assistenza
sanitaria e nell'educazione.
Il Partito Democratico Rivoluzionario di Balladares è stato sconfitto alle elezioni del maggio 1999, e nel settembre dello stesso anno Mireya Moscoso, primo leader politico donna di Panama, a capo del Partito Arnulfista, ha conquistato la carica di presidente. 'Il canale è nostro!' ha gridato il presidente Moscoso, ed effettivamente era così. Trentasei anni dopo che le dimostrazioni degli studenti a Panama avevano causato una rottura delle relazioni diplomatiche fra i due paesi e più di 22 anni dopo la promessa degli USA di restituire il canale di Panama, la consegna è infine avvenuta nel corso di un'assolata cerimonia il 1° gennaio 2000. Nei giorni e nelle settimane che hanno seguito la cessione, le navi hanno attraversato il canale senza problemi, nessuna nazione straniera ha tentato di accaparrarselo e i panamensi hanno festeggiato.
Le elezioni presidenziali del 2004
venivano vinte da Martín Torrijos Espino.
