La parte occidentale del paese fu parte dei domini della grande civiltà maya durante il primo millennio d.C.; le rovine di Copán testimoniano chiaramente lo stadio avanzato di sviluppo delle genti che popolavano la regione. L'impero dei maya era già in declino quando il paese fu raggiunto da Cristoforo Colombo durante il suo quarto viaggio, nel 1502. A quel tempo le regioni costiere erano abitate da popolazioni caribiche che, in seguito alla conquista spagnola, furono decimate soprattutto da malattie introdotte nel paese dagli europei.
La conquista dell'Honduras ebbe inizio nel 1524 e si svolse nell'ambito degli aspri conflitti scoppiati tra i diversi conquistadores spagnoli che si contendevano il controllo di Messico, Panamá e Hispaniola. Hernán Cortés, il conquistatore del Messico, giunse nel paese nel 1525 per avanzare rivendicazioni sulla regione che, dopo la scoperta nel territorio di giacimenti auriferi, diventò un centro di intrighi e contese che si protrassero fino al 1539, anno in cui il luogotenente di Cortés in Guatemala, Pedro de Alvarado, sgominò tutti gli avversari.
Durante la maggior parte del periodo coloniale la capitale del paese fu Comayagua, fondata nel 1540, anche se la scoperta di numerose miniere nei pressi di Gracias nel 1544 fecero di questa città la capitale dell'Audiencia de las Confines, il territorio che comprendeva l'intera America centrale da Tabasco, in Messico, sino a Panamá. Verso la fine del periodo coloniale il primato di Comayagua fu soppiantato da Tegucigalpa, al centro di attività minerarie. L'Honduras sarebbe comunque rimasto una provincia scarsamente popolata del regno di Guatemala, a sua volta parte del vicereame della Nuova Spagna.
Ottenuta l'indipendenza dalla Spagna nel 1821 e dal Messico nel 1823, il paese si unì alla Federazione delle Province Unite dell'America centrale. Francisco Morazán guidò le forze liberali alla vittoria durante una cruenta guerra civile, che ebbe luogo tra il 1827 e il 1829, e divenne presidente della Federazione che si sciolse nel 1839. Dalla proclamazione della propria indipendenza nel 1840 la repubblica fu retta frequentemente da caudillos, tra i quali Francisco Ferrera, Juan Lindo e Santos Guardiola.
All'inizio del XX secolo regimi più liberali inaugurarono una serie di governi che si presero carico della necessità di modernizzare il paese: il trasferimento della capitale dalla conservatrice Comayagua alla più liberale Tegucigalpa segnò il trionfo delle nuove forze. La politica honduregna di questo periodo attrasse investimenti esteri, e gli Stati Uniti intervennero massicciamente nel paese, sia in campo minerario sia nella produzione agricola: le compagnie americane, tra cui le potenti United Fruit Company e Standard Fruit Company, attraverso concessioni governative, monopolizzarono il commercio delle banane, che divennero il principale prodotto di esportazione del paese.
L'Honduras entrò nell'orbita degli Stati Uniti, la cui influenza d'ora in poi avrebbe investito non solo la sfera economica, ma anche quella politica del paese. Lo sfruttamento delle risorse del territorio favorì gli investitori nordamericani e i loro alleati latifondisti locali, ma non la popolazione, che rimase, e sarebbe rimasta, in condizioni di grande miseria.
Nel 1932 venne nominato alla presidenza Tiburcio Carías, che, apportate alcune modifiche alla Costituzione, instaurò un regime dittatoriale che durò fino al 1948; negli anni seguenti il paese fu sconvolto da disordini, ma il potere restò saldamente nelle mani di un'oligarchia soggetta agli interessi statunitensi.
Nel 1957 fu eletto un liberale, Ramón Villeda Morales, che promulgò una nuova Costituzione, favorì l'ingresso del paese nel Mercato comune centroamericano (MCCA) e avviò programmi di riforma agraria e scolastica. Le sue iniziative politiche ed economiche, cui si aggiunsero i timori dell'influenza della vicina Rivoluzione cubana, favorirono un colpo di stato guidato dal colonnello Osvaldo López Arellano nel 1963. Questi rimase al governo per oltre un decennio, durante il quale la fragile struttura economica del paese risultò ulteriormente indebolita dal conflitto con El Salvador nel 1969 (conosciuto come la "guerra del fútbol") e da un violento uragano, che nel 1974 causò gravissimi danni. Nel 1975 le forze armate favorirono la salita al potere del colonnello Juan Alberto Melgar Castro che, dopo soli tre anni, fu rovesciato da un nuovo colpo di stato guidato dal generale Policarpo Paz García.
Negli anni Settanta e Ottanta l'Honduras risentì dell'instabilità politica dei paesi confinanti. Nel 1980 il generale Paz firmò un trattato di pace con El Salvador. Le elezioni del 1981 portarono al governo il candidato del Partito liberale, Roberto Suazo Córdova, ma gli apparati militari continuarono a esercitare una forte influenza sulla politica del paese. L'Honduras divenne la base della guerriglia dei contras nicaraguensi, appoggiata dagli Stati Uniti contro il governo sandinista di Managua. Nel 1985 fu eletto presidente un civile, José Azcona Hoyo; gli successe Rafael Leonardo Callejas, vincitore delle elezioni presidenziali del 1989, il quale si trovò a guidare un paese devastato da disordini sociali, scioperi e da una drammatica situazione economica.
Le elezioni del gennaio 1993 videro il trionfo del Partito liberale con il suo candidato alla presidenza, l'attivista nel campo dei diritti umani e politici Carlos Roberto Reina, che si sforzò di limitare il potere delle Forze armate, di promuovere riforme economiche e di combattere la corruzione e il narcotraffico.
Nel 1995 rappresentanti dei principali partiti politici, anche dell'opposizione, e della società civile istituirono un Consiglio nazionale di convergenza, al fine di affrontare i gravi problemi economici, sociali e politici del paese, nel quale permanevano sacche di miseria e di disuguaglianza, che alimentavano le tensioni sociali e una grave ondata di criminalità.
Il paese fu duramente colpito, il 26 ottobre del 1998, dall’uragano Mitch, che causò oltre 5.000 morti e migliaia di senzatetto. La violenza dell’uragano che, con venti superiori ai 250 km orari, devastò la costa orientale dell’America centrale, fu tale da modificare il percorso di diversi fiumi e cancellare ferrovie, strade e interi paesi.
Nel tentativo di stimolare l’economia, gravemente prostrata dalle conseguenze dell’uragano Mitch e da un periodo di siccità, nel giugno 2000 il paese firma un accordo di libero scambio, insieme a Guatemala e a El Salvador, con il Messico. Nel luglio 2001, dato il perdurare della siccità nelle province del sud, il governo dichiara lo stato di emergenza. Nelle elezioni presidenziali di fine anno il Partito liberale viene sconfitto; il leader del Partito nazionalista, Ricardo Maduro, viene eletto alla presidenza del paese con il 53% dei voti.