Grazie alla temperatura calda e umida dell'estate, il Giappone ha una flora varia e rigogliosa che conta più di 4500 specie di piante. Fra le piante fiorite va menzionato innanzitutto il ciliegio, che fiorisce a inizio primavera: è il fiore nazionale e costituisce un motivo ricorrente nell'arte e nella cultura giapponese; in aprile, le colline si ricoprono invece dei colori delle camelie e delle azalee e, all'inizio di maggio, delle peonie, uno dei fiori più coltivati. Il loto è in fiore in agosto, mentre in novembre uno dei più famosi festival floreali giapponesi celebra il crisantemo, fiore che rappresenta l'emblema della famiglia imperiale. Tra gli altri fiori si ricordano l'anagallide, la campanula, il gladiolo e diverse varietà di gigli. Tra gli alberi predominano le conifere; diffuso è il cedro giapponese, detto sugi, che può raggiungere i 46 m d'altezza, il larice e diverse varietà di abete. A Kyushu, Shikoku e Honshu meridionale si trovano alberi come il bambù, l'albero della canfora e il fico d'India; la pianta del tè e della cera vegetale sono coltivate nella zona centrale di Honshu e in tutta l'area meridionale del paese. Nelle zone centrale e settentrionale di Honshu crescono alberi tipici della zona temperata, come il faggio, il salice, il castagno, oltre a diverse conifere; vi è diffusa inoltre una coltura estensiva della pianta della lacca e del gelso; molto comuni sono anche il cipresso, il tasso, l'agrifoglio e il mirto. La vegetazione di Hokkaido è di tipo subartico, più o meno simile a quella della Siberia meridionale, con una diffusa presenza di abeti e larici; ma nelle zone più temperate si trovano l'ontano, il pioppo e il faggio. In Giappone Ã¨ praticata una forma pressoché unica di giardinaggio decorativo, con la riproduzione stilizzata e in scala ridotta di paesaggi naturali. Vengono inoltre coltivati alberi nani, i bonsai che, grazie a un'abile e continua potatura, non superano i 30 cm d'altezza.