In Giappone sono frequenti i terremoti: secondo una statistica si verificano quotidianamente più di tre movimenti sismici. La ricerca geologica ha infatti evidenziato un abbassamento della costa giapponese occidentale, e un innalzamento della costa sul Pacifico. La costa orientale è colpita da terremoti che interessano una zona molto estesa, solitamente accompagnati da forti maree e maremoti talvolta con onde anomale di eccezionale altezza, dette tsunami (come quella che nel 1995 ha colpito, spianandole, le coste dell'isola di Okushiri). Questi sismi sono legati agli assestamenti della crosta terrestre in prossimità della massa continentale asiatica, dove si ha un fenomeno di subduzione, di sprofondamento del fondo oceanico (e difatti in vicinanza delle isole giapponesi si trovano alcuni dei più profondi abissi oceanici, come il Vitjaz, 11.032 m), con parallelo sollevamento del bordo continentale, dal quale sarebbe sorto l'arcipelago con le sue montagne e i suoi vulcani. L'instabilità che caratterizza le isole del Giappone del resto si verifica tutto intorno all'oceano Pacifico, per cui si parla di "anello di fuoco", di cui l'arcipelago sarebbe una delle sezioni più attive. Il terremoto più disastroso che si ricordi nella storia giapponese si verificò nel 1923: con epicentro nella baia di Sagami, danneggiò gravemente Tokyo e Yokohama, provocando la morte di circa 150.000 persone. Il grande terremoto dell'Hanshin del 1995, la cui intensità ha raggiunto il settimo grado della scala Richter, ha colpito la città portuale di Kobe facendo perire circa 5000 persone.