In rapporto a una flora tanto rigogliosa, la fauna giapponese può apparire scarsa; nel paese abitano tuttavia diverse specie di mammiferi, molte specie di uccelli e una nutrita varietà di rettili, anfibi (fra cui è particolare la salamandra gigante del Giappone, che può raggiungere il metro e mezzo di lunghezza) e pesci. Non mancano neppure i primati, tra cui le scimmie, rappresentate dalla famiglia dei cercopitecidi, che popolano le isole di Honshu e Shikoku, e una specie di macaco.