Il primo Vicerè fu Blasco Núñez de Vela (1544 - 1546); con lui iniziò un periodo conosciuto come la Colonia che sarebbe durato quasi trecento anni. La dominazione spagnola portò l’evangelizzazione cattolica e la diffusione della lingua castigliana. Con Reale Cedola del 12 maggio del 1551 venne creata l’Università Maggiore di San Marcos, ritenuta la più antica d’America.

La religiosità dei peruviani trovò nell’arte una costante e notevole espressione. Nel corso del periodo coloniale si sviluppò la "scuola cuzqueña" seguita da una pleiade di pittori peruviani che sintetizzarono nelle loro opere il meticciato del barocco spagnolo e dell’arte indigena peruviana che i critici d’arte hanno chiamato barocco latinoamericano. L’artista maggiormente conosciuto di questa scuola è Diego Quispe Tito. Nel Perù la fede cattolica si estese grazie alla missione evangelizzatrice dei sacerdoti e specialmente dei missionari manifestandosi poi nella santità di cinque dei suoi religiosi.

Essi sono Santa Rosa da Lima, patrona d'America e delle Filippine, nata a Lima nel 1586; San Martín de Porres, primo santo d'origine africana nato a Lima nel 1579 e gli evangelizzatori Santo Toribio de Mondrojevo, San Juan Macías e San Francisco Solano, nati in Spagna ma ritenuti peruviani dalla Santa Sede poiché raggiunsero la santitá durante il loro apostolato in Perù, ove sono venerate le loro spoglie. Essi testimoniano il meticciato culturale tra il Perù e la Spagna.

Di quella fede religiosa che portó agli altari quei santi é anche concreta espressione, annualmente rinnovata in Perù

nel mese di Ottobre, la processione del Signore dei Miracoli seguita da oltre 1'000.000 fedeli essendo la piú numerosa e sentita manifestazione di fede in Ispanoamerica. Parteciparono all’arte di questo periodo anche noti artisti del vecchio continente. Spiccano le opere del calabrese Mattia Preti nella cappella della Chiesa della Mercede, artista che decorò con la sua arte barocca la Cattedrale di San Giovanni a La Valletta nell’attuale Repubblica di Malta, i numerosi quadri dello spagnolo Francisco de Zurbarán che si trovano nel convento di San Francisco e nella Chiesa della Buena Muerte a Lima, ecc. Spiega lo straordinario potere del Vicereame del Perù l’immensa quantità d’oro e d’argento che la Spagna estraeva da quello che fu l’Impero degli Incas. Quei metalli preziosi servirono, in buona parte, a sostenere l’Impero spagnolo oberato dalle ingenti spese per assoldare un esercito dislocato in gran parte dell’Europa.

I Viceré che governarono il Perù assommano a 40, i più noti dei quali furono:
- Francisco de Toledo, quinto Viceré, dal 1569 al 1581; organizzò l’amministrazione del Vicereame, regolamentò il tributo e il lavoro indigeno e istituí la Zecca. Fu durante il suo governo che venne istituito il Sant’Uffizio dell’Inquisizione e il Collegio per i figli della nobiltà incaica. - Manuel de Amat y Juniet, trentunesimo Vicerè, 1761 - 1776; durante il suo governo fu fondato il Real Convictorio de San Carlos, venne costruita la Fortezza del Real Felipe, si creò la Aduana Real e vennero ristrutturate le Alamedas de Acho e deo Descalzos, si costruì il Paseo de Aguas e la Plaza de Toros de Acho, la quarta al mondo in ordine di tempo e si organizzarono spedizioni a Tahiti prima ancora dell’ inglese Cook.

E’ ricordato anche per il suo appassionato romanzo con una meticcia naturale di Huánuco, Micaela Bastidas, "la Perricholi", la cui vita ispirò pittori, scrittori e musicisti tra i quali Offenbach che compose l’opera dal nome di questa celebre bellezza di Huánuco.
- Fernando de Abascal y Souza, trentottesimo Vicerè, governò dal 1806 al 1816; a seguito dei movimenti indipendentisti in America Latina trasformò il Perù in baluardo del potere spagnolo in America affrontando le ribellioni di Francisco di Zela, Juan José Crespo, Enrique Paillardelli, dei fratelli Angulo e Mateo Pumacahua. Nel 1824 il Vicerè La Serna, l`ultimo a rappresentare la Spagna nel Perù, dovette capitolare di fronte al Generale Antonio José de Sucre dopo essere stato sconfitto nella battaglia di Ayacucho, che segnò la fine di quasi tre secoli di dominazione spagnola.