Nel 1532 il soldato e avventuriero spagnolo Francisco Pizarro sbarcò in Perù e riuscì, con la forza delle armi, a sottomettere l'impero incaico, indebolito a causa di una guerra intestina iniziata nel 1529 tra Huáscar e Atahualpa i due fratelli pretendenti al dominio dell’impero. Nel 1535, Pizarro fondò la capitale peruviana di Ciudad de los Reyes ("Città dei re", odierna Lima).
Annientata la relativamente debole opposizione di alcuni generali incas, iniziò il dominio spagnolo che, sul territorio dell’antico Impero incaico instaurò il Vicereame più potente della Spagna in oltremare.
Nel 1542, un editto imperiale spagnolo promulgò le cosiddette Leyes nuevas ("Leggi nuove"), destinate a porre fine alla trasmissione ereditaria dell'encomienda (il territorio concesso dalla Corona spagnola a conquistadores o a coloni).
Nel 1544 il tentativo del viceré spagnolo di far rispettare le Leyes nuevas provocò la rivolta degli encomenderos, che fu sedata dalle forze spagnole nel 1548. Nel 1569 giunse in Perù l'amministratore coloniale spagnolo, Francisco de Toledo; il sistema politico-amministrativo da lui imposto, che prevedeva la figura del cacique (un capo indigeno che aveva il compito di fare da tramite tra governo centrale e indios e di raccogliere i loro tributi), durò per quasi due secoli. Già nei primi decenni della conquista la popolazione degli indios fu falcidiata dalle violenze, dalle malattie portate dai colonizzatori e dalle condizioni di schiavitù alle quali fu costretta.
