I maya abitarono le regioni occidentali del Salvador molti secoli prima dell'arrivo dei conquistatori spagnoli. Dopo la conquista dell'America centrale, avvenuta nei primi decenni del Cinquecento a opera di Pedro de Alvarado, luogotenente di Hernán Cortés, El Salvador diventò una provincia della capitania generale del Guatemala (nel vicereame di Nueva España), fino al 1823. Per dieci anni fece parte delle Province Unite del Centroamerica, la confederazione formata da Guatemala, Honduras, Nicaragua e Costa Rica.

El Salvador ottenne l'indipendenza il 1° gennaio 1841, dopo il dissolvimento della confederazione; il governo del paese rimase nelle mani dell'aristocrazia fondiaria che aveva detenuto il potere anche nel periodo della dominazione spagnola e, dal 1865 al 1931, fu retto dai conservatori. Seguì, fino al 1944, la dittatura del generale Maximiliano Hernández Martínez.

Nel ventennio seguente, caratterizzato da continue richieste di riforme economiche e sociali, si susseguirono governi militari, che salvaguardarono il dominio economico delle "14 famiglie", proprietarie di grandi piantagioni e detentrici del monopolio del commercio del caffè.

Nel 1962 fu emanata una nuova Costituzione e venne eletto alla presidenza il colonnello Julio Adalberto Rivera, candidato del Partito di conciliazione nazionale, sostituito nel 1967 da Fidel Sánchez Hernández. L'acuirsi delle tensioni con l'Honduras nel 1969 causò una breve guerra tra i due paesi.

Nel 1972 venne nominato presidente il colonnello Arturo Armando Molina, in un clima di forte contestazione politica. Il generale Carlos Humberto Romero, eletto nel 1977, venne destituito dalla carica nell'ottobre 1979, in seguito a un colpo di stato organizzato da un gruppo di ufficiali. In questo periodo cominciarono ad agire formazioni quali il Fronte Farabundo Martí di liberazione nazionale, che negli anni seguenti intensificò la guerriglia.

Nel 1980 José Napoleón Duarte, alla guida del Partito democratico cristiano, assunse la presidenza del paese, sostenuto dagli Stati Uniti. Contemporaneamente le formazioni di destra degli "squadroni della morte" si resero responsabili dell'uccisione di centinaia di salvadoregni. Duarte indisse nuove elezioni nel 1982, ma il suo partito venne sconfitto e una coalizione di destra si impadronì del potere. Alle elezioni presidenziali del maggio 1984 Duarte fu nuovamente eletto alla presidenza, sempre sostenuto dal governo statunitense, e nel marzo successivo il Partito cristiano democratico ottenne la maggioranza nelle elezioni legislative.

I tentativi di raggiungere un accordo con la guerriglia fallirono, aumentando l'insoddisfazione nei confronti della politica condotta da Duarte. Nelle consultazioni del 1989 la formazione di destra dell'Alleanza repubblicana nazionalista (ARENA) conquistò la maggioranza all'Assemblea nazionale e il principale esponente Alfredo Cristiani fu proclamato presidente alle elezioni dell'ottobre 1989.

Nel 1990, con la mediazione delle Nazioni Unite, furono avviati negoziati tra il governo e il

 Fronte Farabundo Martí, proseguiti nel 1991, nel tentativo di porre fine al conflitto (che aveva già fatto 75.000 vittime, in maggioranza civili) e di definire un piano di pace. La firma degli accordi nel gennaio 1992, entrati ufficialmente in vigore il 1° febbraio dell'anno seguente, mise fine alla guerra civile. Nelle nuove elezioni, svoltesi nel 1994 sotto la sorveglianza delle Nazioni Unite, si impose il candidato di destra Armando Calderón Sol (dell'ARENA), che sconfisse Rubén Zamora, candidato della sinistra.

Alle elezioni del 1997 ha votato solo il 40% degli aventi diritto. L'ARENA, pur confermandosi primo partito, ha ottenuto 28 seggi (contro 39 delle elezioni del 1994) e si è visto costretto a un governo di coalizione con la Democrazia Cristiana. Il Fronte

 Farabundo Martí ha ottenuto invece 27 seggi e ha prevalso nelle principali città del paese, compresa San Salvador. Nel 1998 il passaggio dell'uragano Mitch ha causato seri danni al paese, che già vive una grave crisi economica e sociale (San Salvador è stata definita la città più violenta dell'America latina). Nel 1999 l'Arena ha vinto per la terza volta le elezioni presidenziali con il suo candidato Francisco Flores, che si è imposto su quello della Coalición por el Cambio (Coalizione per il cambiamento), formata da Fronte Farabundo Martí e Unione socialcristiana.

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