La fauna presenta affinità con quella sudamericana e comprende il pecari, l’opossum, il giaguaro, l’ocelot, il jaguarondi (Felis yagouaroundi) e il margay (Felis wiedii), appartenenti alla famiglia dei felidi, il formichiere e il bradipo.

bradipo	un esemplare di iguana,molto diffusa nell'America Centrale

Un esemplare di Boa Constrictor

Il puma, la volpe grigia e il coyote sono invece originari dell'America settentrionale, al pari

pappagallo comune

 del cervo. Il grande manato, che si ciba di piante acquatiche, sopravvive nelle isolate lagune delle regioni orientali; viene cacciato a scopo alimentare, al pari di una specie di grande tartaruga marina (Chelonia mydas) e dell'iguana.Numerose sono le specie dei rettili, tra i quali Boa constrictor e una specie particolarmente velenosa, Lachesis muta. Il pappagallo, il quetzal (Pharomachrus mocinno) e il tucano sono specie molto comuni nella regione. Varia è anche la fauna ittica, fra cui si segnala il pescecane del lago di Nicaragua.