Nonostante la fertilità del suolo e la presenza di un'industria relativamente sviluppata, l'economia ha conosciuto negli anni '80 un rallentamento, dovuto sia alle avverse condizioni climatiche, con successive siccità, sia al conflitto in atto dal 1979, con le attività di guerriglia che colpivano in particolare l'agricoltura. Questi problemi si sono aggiunti a quello tradizionale della concentrazione della proprietà terriera nelle mani di un'oligarchia detta delle "quattordici famiglie", e della dipendenza dell'esportazione di prodotti agricoli, della pesca, tessili e farmaceutici dal prezzo variabile sui mercati. Il processo di pacificazione, avviato nel 1992, ha permesso la ripresa dello sviluppo, e il PIL (prodotto interno lordo) pro capite si è attestato sui 4000 dollari. L'importazione si basa soprattutto su generi alimentari, petrolio, fertilizzanti e macchinari.
I principali partner economici di El Salvador sono gli USA, la Germania, il Giappone, il Messico e il Venezuela, oltre agli altri paesi del Mercato comune centro-americano, fondato nel 1960.
La moneta è il Colòn, al quale, dal 2001 si è affiancato il dollaro USA.
Oltre il 90% delle imprese agricole di El Salvador è costituito da microfondi che occupano appena il 21% della superficie totale. Tra le colture prevalgono il caffè (dipartimenti di Usulutan, San Miguel, San Salvador, Sonsonate e San Vicente) anche se la sua percentuale sull'esportazione è calata, seguito dal cotone e dalla canna da zucchero (dipartimenti di San Salvador, Sonsonate e San Vicente), mentre per il consumo interno sono prodotti principalmente granoturco, riso e fagioli secchi. Lo sfruttamento delle foreste è discreto, poichè forniscono essenze abbastanza pregiate, che permette una rilevante produzione di carta. E' abbastanza sviluppato l'allevamento bovino e suino che viene praticato nelle grandi aziende della pianura costiera. Sono invece meno importanti la pesca e il settore minerario (oro, argento e sale a Montecristo).
Il settore industriale è abbastanza sviluppato, grazie anche alla buona disponibilità di energia (soprattutto idroelettrica e geotermica), che conta su fabbriche di sigari (a Cojutepeque, San Salvador, Zacatecoluca, Sonsonate), carta e cotone (a Santa Ana, San Salvador e San Miguel) oltre che impianti alimentari (zucchero e birra), calzaturifici, cementifici, impianti chimici per la produzione di farmaceutici e ad Acajutla sono presenti una raffineria e una fabbrica di fertilizzanti.
Il settore terziario si basa soprattutto sul turismo, che conta sulla bellezza dei paesaggi dell'interno, sulle spiagge e sulla notevole presenza di resti precolombiani. Importanti sono anche le vie di comunicazione, relativamente evolute, quali le reti stradali (anche se asfaltate solo per il 20%), la rete ferroviaria (che raggiunge 547 km di lunghezza), i porti (i principali sono La Union, Acajutla e La Libertad, lo sbocco sul mare della capitale).