Data la particolare conformazione stretta e allungata delle isole giapponesi non possono esistere grandi bacini idrografici e i fiumi, che disvolgono il loro corso dallo spartiacque alla costa, sono generalmente brevi. Essi, inoltre, rigonfi durante il disgelo primaverile o le piogge estive, diventano esigui corsi d'acqua durante la stagione asciutta; la scarsa profondità e le frequenti rapide ne permettono poi la navigazione unicamente a imbarcazioni molto leggere. Il fiume più lungo è lo Shinano, nell’isola di Honshu, con un corso di circa 370 km; sull'isola altri fiumi importanti sono il Tone, il Kitakami, il Tenryu e il Mogami. Tra i principali fiumi di Hokkaido vi sono l'Ishikari, secondo fiume giapponese per estensione del bacino, oltre al Teshio e al Tokachi. Il Yoshino è il maggiore fiume di Shikoku. Numerosi sono i laghi, alcuni formati da sbarramenti delle valli fluviali; in gran parte sono situati in montagna, dove spesso sono diventati luoghi di soggiorno estivi. Il principale è il Biwa, in Honshu, esteso per circa 685 km2. I corsi d'acqua del Giappone sono in genere, a causa dell'estensione del rilievo, di corso breve e spesso interrotto da cascate, e vengono sfruttati per la produzione di energia elettrica.