Anche se negli ultimi anni si è assistito a un declino nel numero di addetti nell'agricoltura, il settore non ha perso la propria importanza. La produzione di riso, che occupa oltre il 40% del terreno coltivato, intorno alla metà degli anni Novanta generava da sola circa un terzo dell'intero reddito agricolo; il riso costituisce infatti ancor oggi il principale alimento dei giapponesi, anche se una significativa sovrapproduzione, dovuta in parte allo sviluppo di alcune varietà di riso a maggior rendimento, ha tuttavia cominciato a verificarsi con la graduale trasformazione nei consumi alimentari della popolazione. Frumento e orzo rappresentano altre importanti colture cerealicole, cui vanno aggiunte le coltivazioni di patate e patate dolci, barbabietole da zucchero, canna da zucchero, agrumi, ortaggi, tra cui cavoli, cipolle e pomodori, e frutti diversi, come mele, pesche, pere, e poi soia, tè, tabacco e molti altri prodotti ortofrutticoli. Data l'esiguità del terreno coltivabile e il suo conseguente elevato valore, all'allevamento viene invece riservata una superficie modesta del paese; ciononostante, all'inizio degli anni Novanta, i maiali allevati erano 11 milioni, i bovini 5 milioni e i volatili 336 milioni. Il terreno coltivabile è diviso in piccoli appezzamenti, di cui il 70% inferiori o pari a 1 ettaro coltivati da contadini che per la gran parte lavorano anche a mezza giornata nell'industria. Prevale la coltura intensiva e nella sezione meridionale dell'arcipelago sono spesso effettuati due o più raccolti l'anno, il che ha causato un diffuso impoverimento del terreno; grazie al massiccio impiego di fertilizzanti chimici, di migliori varietà di colture e di tecniche produttive avanzate, la produzione realizzata nelle aziende agricole giapponesi è tuttavia tra le più elevate al mondo.

Per i due terzi circa la superficie territoriale del Giappone è ricoperta da foreste, in cui, per i due quinti, crescono alberi di legno dolce. Il paese, nonostante sia tra i principali produttori mondiali di legname (la produzione annua nei primi anni Novanta ammontava a circa 37,6 milioni di m3), deve ricorrere largamente all'importazione per soddisfare la crescente domanda interna. I due terzi circa del patrimonio forestale sono di proprietà privata. Poiché il pesce rappresenta per i giapponesi uno tra gli alimenti principali, secondo soltanto al riso, la pesca costituisce un'industria di grandissima importanza, destinata sia al mercato interno sia all'esportazione. Il Giappone dispone di una delle maggiori flotte da pesca del mondo, le cui attività possono essere così distinte: pesca costiera, al largo e in profondità. La pesca al largo, effettuata con imbarcazioni di media stazza è responsabile di un quarto del valore del pescato totale. La pesca in profondità, praticata in acque internazionali da potenti battelli, fornisce una pari quota di pescato. La pesca esercitata lungo le coste, con modeste imbarcazioni, reti da pesca o tecniche di allevamento, rappresenta invece quasi il 50% del totale del pescato, che nei primi anni Novanta ammontava a circa 10 milioni di tonnellate metriche ed era composto da sardine, bonito, granchi, lucci, gamberi, salmoni, gadi, sgombri, seppie, calamari, costardelle, pagelli e tonni; il Giappone è inoltre tra i pochi paesi che praticano ancora la caccia alla balena. Rilevante è anche la raccolta delle alghe marine.

Il Giappone dispone di diverse risorse minerarie, ma generalmente in quantità limitata, per cui è costretto a forti importazioni di materie prime, necessarie alla sua poderosa attività industriale, di trasformazione e manifatturiera. Vi sono generalmente giacimenti di carbone, rame, piombo, zinco e quarzite, ma tutti in quantità insufficienti a soddisfare la domanda interna. Il paese è tra i principali produttori mondiali di energia elettrica, di cui circa il 58,9% proviene da centrali termiche, operanti con carbone o petrolio; gli impianti idroelettrici forniscono l'8,35% e le centrali nucleari il 30,3%. Alla metà degli anni Novanta la potenza installata era di oltre 220 milioni di kW e la produzione annua di elettricità ammontava a circa 964 miliardi di kWh. In mancanza di sufficienti risorse energetiche interne, il Giappone dipende dalle importazioni di combustibili. Grazie ai progressi raggiunti nella resa e nel risparmio energetici, il tasso di consumo annuo di energia in Giappone è calato dal 6,1% del periodo tra il 1965 e il 1980 all'1,9% nel periodo dal 1980 al 1988, mentre la quota annua rappresentata dai prodotti combustibili sul totale delle importazioni è scesa dal 19% al 14%.